Согласно ст. 84.1 ТК запись в трудовую книжку об основании и о причине прекращения трудового договора должна вноситься в точном соответствии с формулировками Трудового кодекса.

Увольнение по собственному желанию производится на основании п. 3 ч.1 ст. 77 ТК, поэтому и формулировку следует брать из этого пункта.

То есть в графу 3 бумажной трудовой книжки вносится запись «Трудовой договор расторгнут по инициативе работника, пункт 3 части первой статьи 77 Трудового кодекса Российской Федерации».

Источник: Онлайнинспекция.рф, "Главная книга"